La final del campeonato alemán del sur la perdió contra el Eintracht Fráncfort y fue como segundo mejor a la ronda final del campeonato alemán. En 1926 el Bayern conquistó el campeonato del sur de Alemania, donde los más duros competidores habían regresado, como el Núremberg y el Fürth -quien en ese momento era considerado el mejor equipo alemán en Baviera-. En 1933 el club no pudo defender su título tras perder sus dos partidos vitales contra el 1860 Múnich en el campeonato alemán del sur. También se había creado la sección de gimnasia del Bayern de Múnich en 1974. Bernhard Simmelbauer, miembro del club, participó en los Juegos Olímpicos de Los Ángeles 1984 -alcanzando el cuarto lugar en la competición por equipos de los JJ. En 1949, alcanzó de nuevo la fase de clasificación para el campeonato alemán al llegar en tercer lugar en la tabla de la liga. El objetivo de la temporada era alcanzar la ronda de promoción a la liga, el cual también se podría lograr con un segundo lugar al final de la temporada. En catorce temporadas en el club, ganó todo: la Copa de la UEFA en 1996, ocho títulos de liga, seis copas y una Liga de Campeones en 2001. Visto como un líder autoritario, Kahn sabía cómo transmitir la voluntad de ganar a su equipo.
Desde el 1 de julio de 2013 al 30 de junio de 2016, Guardiola logró conseguir 1 Supercopa de Europa, 1 Copa Mundial de Clubes, 3 Bundesligas y 2 Copas de Alemania. Dicha ronda no se llevó a cabo en el año del final de la Segunda Guerra Mundial. El nuevo comienzo después de la guerra fue difícil, en junio de 1947 Kurt Landauer regresa del exilio, y unas semanas más tarde fue reelegido como presidente de la asociación. Después de la «Machtergreifung» -toma del poder por parte de los nazis bajo el liderazgo de Adolf Hitler-, el presidente del club Kurt Landauer tuvo que dimitir por la presión política ejercida contra él debido a su ascendencia judía, mientras que el entrenador Richard Kohn «Dombi», -también de origen judío- tuvo que trasladarse a Suiza. Se ha ganado a pulso ser el club más reconocido de su liga. Podría ser una oferta de trabajo en los anuncios por palabras de un periódico, pero corresponde al perfil de los goleadores de muchos de los equipos de LaLiga. El 13 de julio del mismo año, la oficina y una parte de los archivos del club fueron destruidos tras los bombardeos. Dichas estrellas representan los más de treinta títulos de Bundesliga ganadas por el club.
Igualmente, los aficionados «bávaros» celebran la consecución de los títulos concentrándose en los alrededores de la Marienplatz. En el campo, Paul Breitner y la joven promesa Karl-Heinz Rummenigge, hicieron que el club fuese llamado como el «FC Breitnigge», ya que ambos condujeron al equipo hacia los títulos de la Bundesliga en 1980 y 1981. En 1982 se jugó la final de copa ante el Núremberg, donde después de ir perdiendo 0:2, el Bayern remontó y acabó ganando por 4:2 -Dieter Hoeneß con la cabeza ensangrentada, y cubriéndose la herida con un vendaje marcó un gol-. Después de vencer en la semifinal al Saarbrücken con marcador de 3:1, la final sería ante 42 000 espectadores en el estadio Augsburger Rosenaustadion, donde Rudolf Jobst marcó el definitivo 1:0 contra el Fortuna Düsseldorf. En la Copa de Alemania 2016-17 cayeron en semifinales ante el Borussia Dortmund. Esa misma temporada consiguieron ganar la final de la Copa de Alemania derrotando al Meidericher 4:2. Esto lo clasificó para la Recopa de Europa del año siguiente. El Bayern se estableció como uno de los grandes clubes de Alemania -tanto así que Wilhelm Simetsreiter, Ludwig Goldbrunner, futboloo y Herbert Moll habían representado al equipo nacional de Alemania en los Juegos Olímpicos de 1936 en Berlín-.