Después de la «Machtergreifung» -toma del poder por parte de los nazis bajo el liderazgo de Adolf Hitler-, el presidente del club Kurt Landauer tuvo que dimitir por la presión política ejercida contra él debido a su ascendencia judía, mientras que el entrenador Richard Kohn «Dombi», -también de origen judío- tuvo que trasladarse a Suiza. El nuevo comienzo después de la guerra fue difícil, en junio de 1947 Kurt Landauer regresa del exilio, y unas semanas más tarde fue reelegido como presidente de la asociación. El número de miembros de la asociación mostró un desarrollo positivo en los años de posguerra. En la calificación se encontraron con el San Pauli, pero perdió 0:2. Desde ese momento comenzó un largo bajón deportivo en la asociación que incluso culminó con el descenso en la temporada 1954-55. Sin embargo, logran el ascenso al año siguiente. En 1939 se produce el primer descenso en la historia del club. En 1944 logran el campeonato alemán del sur y el club se clasificó para la ronda final en el campeonato alemán. El Bayern terminó en tercer lugar en la división sureña ese año, pero el otro equipo de Múnich, el 1860 Múnich, había ganado el campeonato.
Todo esto concluyó con el fin de la Segunda Guerra Mundial en 1945, siendo el Bayern uno de los pocos clubes que se opuso al régimen de Adolf Hitler. Tardó nueve años en volver a calar entre las masas, al volver la selección alemana triunfal del Copa Mundial de Fútbol de 1954 disputado en la vecina Suiza. Con los años, un partido de la selección alemana sin ningún jugador del Bayern se convirtió en algo poco usual. De acuerdo con los registros del club, el Bayern perdió a 56 miembros que perecieron en el campo de batalla, entre ellos los jugadores de selección Josef Bergmaier y Franz Krumm. Pronto, el Bayern volvió a conseguir más de 1000 miembros. En julio de 1944 el Bayern perdió su casa cuando un bombardeo aliado destruyó la oficina del club. La primera temporada de Niko Kovač no empezó muy bien, ya que el Bayern se quedó atrás del Borussia Dortmund en la liga durante la primera mitad de la temporada. También fue la primera vez que un club de la ciudad de Múnich fue campeón nacional.
En la liga solo alcanzó el séptimo lugar y hubo una vez más problemas financieros. Después de conseguir el sorprendente éxito y el primer título importante desde 1932, aparecieron los problemas otra vez. En la temporada 1962-63 el club participó por primera vez en un torneo internacional de prestigio; la Copa de Ferias. En los años 1970 y 1980, el 1860 Múnich estuvo entre la primera y la tercera división, pero últimamente se ha establecido en la segunda división. Los «once potros» ganaron la liga en 1970 y 1971, relegando dos veces al Bayern a la segunda plaza. En el resurgimiento, el Bayern no quería tomar parte en la copa originalmente. En las semifinales de la Recopa de Europa fueron derrotados en semifinales -por los eventuales ganadores, el Milan-, mientras que en la Copa de Alemania, el Bochum -que para ese entonces jugaba en la tercera división- derrotó a los campeones en semifinales. Esa misma temporada consiguieron ganar la final de la Copa de Alemania derrotando al Meidericher 4:2. Esto lo clasificó para la Recopa de Europa del año siguiente. Al año siguiente Conny Heidkamp pasa a ser jugador-entrenador para afrontar la ronda final del campeonato alemán. En 1933 el club no pudo defender su título tras perder sus dos partidos vitales contra el 1860 Múnich en el campeonato alemán del sur.
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