El club vive en una etapa de reestructuración y prueba de ello es que su presupuesto descendió en tres años de los cien millones de euros a los setenta, cambiando su filosofía centrada en la llegada de futbolistas sudamericanos (Forlán, Riquelme, Diego Cagna, Arruabarrena, Palermo, Sorín, Godín o Ibagaza), por la atención preferente a la cantera. Junto a Riquelme en estas temporadas se incorporan nombres históricos al club: el argentino Rodolfo Arruabarrena, los españoles José Manuel Reina y Santi Cazorla o el brasileño Marcos Senna (quien luego obtendría nacionalidad española). 2004-05. Se incorporan nombres como el defensa argentino Gonzalo Rodríguez y el delantero uruguayo Diego Forlán. Bajo el mando de Pellegrini y tras una gran segunda vuelta de campeonato, el Submarino Amarillo logra el tercer puesto de la liga en la temporada 2004-05, solo por detrás del F. C. Barcelona y del Real Madrid, y con Diego Forlán como Pichichi de la temporada y Juan Román Riquelme como el mejor jugador del equipo. Extremadura, ocupando finalmente el puesto 18.º de la temporada 1998-99. Destacaron en este equipo el rumano Gica Craioveanu y el portero en Primera Andrés Palop. Durante seis campañas continuadas, el Villarreal C. F. cosecha clasificaciones medio-bajas en la tabla de Segunda División, hasta que en la temporada 1997-98 acaba cuarto y se clasifica para la promoción de ascenso a Primera División: en la eliminatoria jugó contra la S. D. Compostela, donde empató los dos partidos (0-0 en la ida disputada en El Madrigal y 1-1 en la vuelta como visitante) y, por el criterio de desempate por goles en campo contrario, el Villarreal C. F. subió a Primera División por primera vez en su historia.
En esa temporada el Villarreal acabó 8.º en liga y alcanzó las semifinales de la UEFA, perdiendo la eliminatoria ante su vecino y finalmente campeón Valencia C. F.. Además, equipacion bayern munich 2024 alcanzó las semifinales de la Liga de Campeones de la UEFA en dos ocasiones (2005-06 y 2021-22) proclamándose en la primera como el mejor equipo debutante de la competición. Su arranque en la Champions League 2020-21 no es el mejor al caer en casa ante el Manchester United por la primera fecha del torneo, agregado que en la Ligue 1 no tuvo su mejor arranque cayendo ante el Olympique de Marsella y el RC Lens. El Villarreal C. F. debutó en Segunda División en la temporada 1970-71, salvando la categoría al clasificarse en el puesto 16.º, pero descendiendo en la campaña siguiente al acabar 17.º. Durante los 25 años posteriores el equipo se mantiene siempre en categoría nacional (excepto la campaña 1976-77), consiguiendo ascender a 2ªB en la temporada 1986-87. Tras un breve paso por Tercera en 1990-91, el equipo cosecha dos ascensos consecutivos que le permiten -20 años después- retornar a la Segunda División del fútbol español. En el plano nacional su mejor resultado ha sido el subcampeonato de liga en la temporada 2007-08. A nivel internacional ha ganado 3 títulos, la Copa Intertoto de la UEFA en dos ocasiones (2003 y 2004) y la Liga Europa de la UEFA en 2021 tras vencer en la final al Manchester United.
↑ La máxima competición futbolística para los equipos de reserva cambió en varias ocasiones. ↑ Incluidas las fases previas. Fue una campaña con hasta tres entrenadores donde la marcha de Santi Cazorla, las lesiones de más de 10 jugadores, y haber perdido hasta 16 puntos en los últimos 5 minutos de partidos, acabaron condenando al equipo amarillo. En la campaña siguiente concluye 15.º y el Villarreal disputó su primera competición internacional: la Copa Intertoto, que daba una plaza en la Copa de la UEFA, cayendo en una de las finales ante el Málaga C. F.. En su retorno a Primera, realiza una buena campaña y acaba 7.º en liga. El jugador temperamental que fue el líder del centro del campo del Bayern entre 1998 y 2002, después de un primer paso en 1990 a 1992. Condujo a sus compañeros de equipo a la victoria Liga de Campeones de la UEFA en 2001. Al mismo tiempo, dos jugadores son el centro de atención: Scholl y Kahn.
El Bayern siempre ha contado con una buena cantera de jugadores, y es que la senda la han marcado algunas leyendas del club como Franz Beckenbauer, Sepp Maier, Philipp Lahm, Thomas Müller, Bastian Schweinsteiger, entre otros. En 1967, regresa a Tercera División, proclamándose -tres años después- campeón de la misma, camiseta de bayern munich por lo que asciende a la Segunda División del fútbol español. Su equipo filial es el Atlético Malagueño, fundado en 1990, que actualmente milita en el grupo IX de la Tercera División. A partir de finales de los años 1980 y principios de 1990, Caracas Fútbol Club también mantuvo una fuerte rivalidad con el Marítimo, cuya raíz se encontraba en el buen desempeño que tuvieron ambos cuadros durante dicho período; además de involucrar a los únicos dos clubes que poseían una plantilla totalmente nacional en ese entonces; sin embargo esta rivalidad decayó con la desaparición el cuadro acorazado en 1995. Otra, es la rivalidad que se mantuvo durante el año 2000 en adelante con el Unión Atlético Maracaibo, ambos conjuntos luchaban por la supremacía del Campeonato Venezolano de Fútbol, lapso en el cual se denominó al encuentro como el Derbi de las Metrópolis, sin embargo, la rivalidad fue decayendo principalmente por el descenso que tuvo el cuadro zuliano en 2009, además de su posterior desaparición.