Mehmet Scholl (1992-2007, mediocampista) pasó quince temporadas en Baviera, conquistando un palmarés de ocho ligas, cinco copas de Alemania, una Copa de la UEFA en 1996 y la Liga de Campeones en 2001. Se unió al cuerpo técnico en 2008 y luego dirigió al equipo de reservas. Sin embargo, el Bayern perdió 2:0 en la final de la Liga de Campeones de la UEFA contra el Inter de Milán de José Mourinho el 22 de mayo en Madrid, quedándose a un paso del triplete -que curiosamente sí completó su rival aquel día-. Juventus de Turín, Ajax de Ámsterdam, Manchester United y Chelsea son los otros cuatro clubes que han ganado las tres grandes competiciones; la Liga de Campeones, la Recopa de Europa y la Copa de la UEFA-. Ambos clubes son los que más partidos han disputado y más victorias tienen en la Liga de Campeones y mantienen la rivalidad más longeva. En los años siguientes el club ganó algunos trofeos locales y en 1910 el Bayern se hizo miembro de la recién fundada Kreisliga, la primera liga regional de Baviera. También lo es de la Copa y de la Supercopa de Alemania -posee 20 y 10 trofeos respectivamente-.
Igualmente lo es de la Supercopa de Alemania con 10 títulos, En 1987, «los bávaros» ganaron la primera edición oficial de la Supercopa de Alemania -cuatro años antes habían ganado la copa en su edición no oficial-. En cuanto a títulos conquistados, es el tercer equipo que más veces ha ganado la Liga de Campeones con seis trofeos, igualado con el Liverpool y por detrás del Real Madrid con catorce, equipacion bayern munich 2024 y del Milan con siete. Igualmente debido a las victorias mundialistas de 1976, 2001, 2013 y 2020, pertenece al grupo de los únicos treinta clubes en el mundo que han ganado el máximo campeonato de clubes de fútbol a nivel mundial. Ese mismo año el Bayern fue el primer club para dar apoyo financiero a la Fundación Hirschfeld Eddy, fundación que investiga las condiciones de vida de la comunidad LGBT, además de desarrollar conceptos de educación para facilitar la información imparcial de temas LGBT en el fútbol. En 1926 el Bayern conquistó el campeonato del sur de Alemania, donde los más duros competidores habían regresado, como el Núremberg y el Fürth -quien en ese momento era considerado el mejor equipo alemán en Baviera-.
La final del campeonato alemán del sur la perdió contra el Eintracht Fráncfort y fue como segundo mejor a la ronda final del campeonato alemán. En la final celebrada en Núremberg el 12 de junio de 1932, se enfrentaron nuevamente al Eintracht Fráncfort. En la segunda mitad, los de Fráncfort empujaron buscando el empate, pero en el 75′ Franz Krumm marcó el 2:0 decisivo para el Bayern. El partido tuvo lugar y el Bayern derrotó al hasta ahora cinco veces campeón alemán, el Núremberg con un 2:0. Los goles fueron anotados por Oskar y Hans Welker. Desde el principio de la Regionalliga en 1994, el equipo jugó en la Regionalliga Süd, después de jugar en la Oberliga desde 1978. Actualmente el filial juega en la Regionalliga Bayern, una de las cinco ligas que componen la Regionalliga, el cuarto nivel del fútbol alemán. 32 títulos ligueros incluyendo el campeonato alemán de 1932 -cuando el torneo todavía no se encontraba bajo su actual formato unificado-. Igualmente, los aficionados «bávaros» celebran la consecución de los títulos concentrándose en los alrededores de la Marienplatz. El primer campo de entrenamiento se encontraba en el centro de Múnich, en lo alrededores de Schyrenplatz.