Herbert Erhardt era el único jugador experimentado del club, por lo que tuvieron que traer talento joven, entre ellos a Sepp Maier. El Bayern siempre ha contado con una buena cantera de jugadores, y es que la senda la han marcado algunas leyendas del club como Franz Beckenbauer, Sepp Maier, Philipp Lahm, Thomas Müller, Bastian Schweinsteiger, entre otros. Un joven Franz Beckenbauer ganaría además el premio al futbolista alemán del año. En la final contra el Colonia, Bernd Rupp anotaría el 0:1 para el Colonia, mientras que Franz Beckenbauer empató a los 53′. Franz Roth había sido sustituido al 68′ por Edgar Schneider, quien lograría marcar al 118′ para darle el triunfo al Bayern. ↑ «El Valencia volvió a perder una final (2001)». RTVE. ↑ Roura, C. (16 de enero de 2013). «Guardiola ficha por el Bayern». 26 de enero de 2013). «FC Bayern Munich: A Trip to Unpredictable Stuttgart Awaits» (en inglés). En la final de copa derrotaron al Schalke 04 con un 2:1. Gerd Müller se llevaría esa temporada el premio al futbolista alemán del año. La temporada 1971-72 fue un año récord para el club ya que se coronaron campeones con 55 puntos y 101 goles anotados -40 de esos goles fueron anotados por Gerd Müller-.
La temporada siguiente el Bayern nuevamente se consagraría campeón, esta vez liderando desde la primera hasta la última jornada, con 11 puntos de ventaja ante su perseguidor, el Colonia. En la temporada 1962-63 el club participó por primera vez en un torneo internacional de prestigio; la Copa de Ferias. En Europa, el Bayern no podría pasar de los cuartos de final de la Liga de Campeones de la UEFA 2016-17 al ser eliminado nuevamente por el Real Madrid en otra edición de «el clásico europeo», cortando así el hito de haber estado en cinco semifinales consecutivas de dicho torneo. En los cuartos de final acabaría su participación al caer 1:4 ante el Dinamo Zagreb de Croacia y empatar a cero en la vuelta. En su primera temporada de la Bundesliga el Bayern disputó el derbi ante el 1860 Múnich perdiendo con marcador de 0:1. Posteriormente en el partido de vuelta, el Bayern logró ganar 3:0, dándole el tercer lugar en la tabla.
Con el nuevo entrenador Adolf Patek consiguieron el cuarto lugar en la temporada 1958-59 -el mejor resultado de los últimos diez años-. Jupp Heynckes fue contratado como entrenador en 1987, pero después de ganar dos campeonatos consecutivos en 1988-89 y 1989-90, el Bayern se hundió. Para entonces, Lattek había sido muy criticado, sin embargo en su primera temporada completa como entrenador en jefe, ganó la Copa de Alemania y fue subcampeón de nuevo. Esta versión inédita de la primera equipación del Real Madrid para la temporada 23-24 incorpora en el cuello el icónico eslogan del club «¡ La final sería en el Frankenstadion, de la ciudad de Núremberg, camisetas de futbol lugar donde 35 años antes el Bayern había conseguido ganar el primer título importante para el club. Bayern llegó a la final como una completa sorpresa tras dejar en el camino a clubes como el Tatran Prešov de Checoslovaquia, Shamrock Rovers de Irlanda, Rapid de Viena de Austria, y Standard de Lieja de Bélgica. En la edición 1962-63, logró vencer al Basilea XI de Suiza por 0:3 en los dieciseisavos de final.