La temporada 1990/91 en la categoría de plata supuso un intento desesperado por ascender a Primera División manteniendo buena parte de la plantilla que había descendido y asumiendo riesgos más altos para la cada vez más maltrecha economía del club. En la edición de la Liga de Campeones fue eliminado en los cuartos de final por el Barcelona, volviendo a fracasar en su intento por ganar la copa. En la final de la Copa FA de 1991, los jugadores del Tottenham Hotspur salieron al campo con pantalones algo más largos y sueltos. El 21 de diciembre de 1986, en un partido disputado en el Estadio de Balaídos ante el Celta de Vigo, el guardameta canterano José Antonio Gallardo sufrió un choque con el delantero brasileño Baltazar del cual en un principio se recuperó satisfactoriamente, pero diecisiete días después del golpe cayó en estado de coma. José Luis Monreal sustituye a Ben Barek, pero no logra mejorar el rendimiento del equipo y es igualmente cesado tras quince partidos disputados. El equipo no se resiente de esta reestructuración de la plantilla y vuelve a cuajar otro gran campeonato peleando por la disputa de competiciones europeas. Después una exitosa campaña, ascendió a Segunda División B, sin embargo, en la temporada 1993/94 las premisas de confección de la plantilla no cambiaron demasiado y se volvió a descender a Tercera.
El rival fue el RCD Español, que había descendido a Segunda la temporada anterior. El portugués con sendos goles se convirtió en el jugador con mejor arranque goleador de la historia de la competición liguera tras superar el récord vigente desde hacía más de setenta años, al sumar quince goles en ocho jornadas disputadas hasta la fecha, en las que el jugador estuvo presente en siete partidos. El equipo malagueño certificó su regreso a Segunda División el 28 de junio de 1998, después de vencer al Terrasa en la última jornada por cuatro goles a uno con un triplete del delantero argentino Pablo Guede. Compostela celebrado el 17 de mayo de 1992, que sentencia al equipo al descenso a Segunda División B a falta de una jornada para terminar la competición. Pero la victoria del Hércules por 0-1 frente al Real Madrid en el Santiago Bernabéu y la victoria del Valladolid frente al Sevilla por 0-2 en el Sánchez Pizjuán condenarían al equipo al descenso, a pesar de partir al inicio de la jornada con ventaja puesto que una victoria del Málaga en casa le habría asegurado matemáticamente la permanencia.
Al comienzo de la temporada 2010-11 el club se encontraba al borde de la bancarrota y sus acreedores pidieron al Tribunal Superior de Justicia que permita una venta del club, haciendo caso omiso a los deseos de Hicks y Gillett. En la temporada 1988/89 esta tendencia continúa con la llegada de John Lauridsen, Antonio Álvarez y Francisco Pineda, con el propósito de mantener la categoría sin grandes apuros. Tras una derrota ante el Real Murcia en La Rosaleda al comienzo de la segunda vuelta y siete jornadas sin conocer la victoria, Luis Costa es destituido de su cargo y se decide que su puesto lo ocupe Antonio Benítez. En la final celebrada en el Stade Roi Bauduin de Bruselas al Fudbalski klub Partizan por 2-1. La final fue recordada, ya que fue la primera vez que un equipo conquistaba el título sin ningún extranjero en sus filas, siendo todos españoles en este caso. En la temporada 1998/99, con el veterano Joaquín Peiró al frente del banquillo malaguista, el equipo afronta un campeonato plagado de buenos resultados y a falta de cuatro jornadas se logra certificar el ascenso a la élite del fútbol español en un partido contra el Albacete Balompié, consiguiendo además el título de la categoría.
La retirada del fútbol en activo de Juanito en junio de 1989 sirvió como precedente destacado a una temporada 1989/90 en la que el club terminó en decimoséptima posición y se vio abocado a jugar una promoción de permanencia. Después de dos temporadas en Segunda División B, en la temporada 1997/98 el Málaga CF pasa a manos del empresario Antonio Asensio Pizarro, propietario del Grupo Zeta, que traza un ambicioso plan de ascenso a Primera División en dos años y le confía la presidencia del club al que hasta entonces era vicepresidente, Fernando Puche. En la temporada 2001/02, el equipo experimenta una serie de variaciones en el organigrama tras el fallecimiento de su propietario Antonio Asensio, siendo el directivo del Grupo Zeta Serafín Roldán el presidente que reemplaza al saliente Fernando Puche. Cuando el Bayern fichó a Alexander Zickler por 2.3 millones de marcos, muchos consideraron que este importe era un subsidio para que el equipo de Dresde saliera de los apuros financieros. Pasó entonces a ser el equipo representativo de Málaga. El Málaga lograría de esa forma culminar el fulgurante ascenso en dos temporadas desde la Segunda División B hasta la Primera División española.
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